System MES może funkcjonować w formie manualnej, półautomatycznej lub automatycznej. Na przykład w branży automotive mają zastosowanie systemy o wysokiej automatyzacji, gdzie maszyny dostarczają komplet informacji, a system MES w praktyce jedynie sprawdza podstawową logikę biznesową i – w większości przypadków – rejestruje produkcję z procesów zautomatyzowanych, nadając im dodatkowe konteksty np. zlecenia produkcyjnego czy operatora.
System półautomatyczny to np. rejestrowanie przestoju. Maszyna wysyła do systemu informację, że zmienił się jej stan (zatrzymała się) i przedstawia rzeczywisty czas zatrzymania, a operator doprecyzowuje, dlaczego doszło do zatrzymania. Innym przykładem jest sytuacja, w której maszyna automatycznie zlicza elementy dobre i wadliwe, ale to operator określa przyczyny błędów czy klasy jakościowe wyrobów.
W systemach manualnych to operator raportuje, kiedy i jak zmienił się stan maszyny. Ręcznie uruchamia zlecenia i rejestruje produkty, co ma zastosowanie zwłaszcza w produkcjach o długich czasach cyklu, czyli jeśli proces jest bardzo wolny i różnica czasu (pomiędzy rzeczywistym a zaraportowanym czasem zatrzymania) nie ma aż takiego znaczenia albo prace są ręczne i nie ma fizycznej możliwości, żeby coś sczytać automatycznie. Sytuacja taka dotyczy np. spawania ręcznego albo precyzyjnych prac wykonywanych pod mikroskopem.
Następnie, w zależności od tego, jaka informacja została zaraportowana (przez maszynę lub operatora), system uruchamia konkretny ciąg zdarzeniowy. Jeśli np. zarejestrowano informację o zmianie statusu maszyny, system może równocześnie przekazać tę informację do Działu Utrzymania Ruchu i podać do systemu planowania. Jeżeli jest to zatrzymanie maszyny, to trzeba zmienić harmonogram pracy. Jeśli operator daje sygnał, że zaczyna zlecenie, to system automatycznie sprawdza, czy są spełnione wszystkie warunki do tego zlecenia. Bardzo złożone procesy mogą być wywoływane na podstawie tylko jednego sygnału.
Niezależnie więc, czy mowa o systemie MES skoncentrowanym na efektywności, operacjach czy jakości, podstawową funkcją systemu MES w praktyce jest zarządzanie zleceniami produkcyjnymi. Zlecenie produkcyjne rozumiemy jako ciąg operacji, które przetwarzają materiał w półprodukt lub wyrób gotowy. Zlecenia są zazwyczaj łączone z kontekstem stanowisk, co stanowi główny element, wokół którego system MES buduje historię.
Należy pamiętać, że system MES w praktyce na produkcji nie powinien działać w oderwaniu od otoczenia, w którym funkcjonuje. Zachowanie tzw. jednego źródła prawdy (z ang. single source of truth) jest kluczowe, aby zachować spójność danych i informacji. W związku z tym, projektom MESowym zawsze powinny towarzyszyć zadania związane z integracją czy to z systemem ERP (tu: zadania kluczowe), ale także systemami wspomagającymi takimi jak WMS, CMMS, APS i każdym innym narzędziem wykorzystywanym przez organizację i mającym realny wpływ na proces produkcyjny i zarządzanie nim.